某夜，XX警方一举破获了由香港黑社会和大陆犯罪分子内外勾结的走私交易。这次行动由“雷霆行动组”直接指挥，生擒香港黑社会四龙帮老大陈雄，故意放走了四龙帮原老大龙山，引起了四龙帮与龙山派系的内讧。龙山迫于各种压力，投诚大陆警方，要求警方保护他和女儿的生命安全。化名为韩卫东、何良和“雷霆行动组”成员和化名为尤婷香港女警官分别从三个不同的角度潜伏介入香港“黑仔联盟”，由此揭开了“雷霆行动”的序幕。由刘志豪指挥的“雷霆行动”，意在破获香港黑社会中组织严密，类似恐怖组织的黑仔联盟，陈雄和龙山均系黑仔联盟的骨干。陈雄顽固不化，把交待视作交易。因其罪行特别严重，被地方法院处以极刑。龙山虽是投诚，但也只是用一些黑仔联盟的毛皮搪塞警方。刘志豪欲擒故纵，引蛇出洞，放龙山回香港。龙山回到香港，黑仔联盟和四龙帮哗然。黑仔联盟的神秘首领侯爷，一方面纵容挑唆陈雄的弟弟，四龙帮新老大陈彪和龙山火拼仇杀；一方面秘密派人对韩卫东和龙婷秘密调查，同时对陈彪的拜把子兄弟，死在旺角海湾的何三拐的弟兄何良暗查明访。一时间冷艳性感的女郎叶云反手为云，覆手为雨，忙得不亦乐乎。叶云明是陈彪的情人，暗是侯爷的鱼鹰，叱咤黑幕风云。龙山摆脱警方的监视，私下到红吧与美国康寿公司的道瑞会晤，不期撞上陈彪。陈彪正欲找龙山算帐，报陈雄在大陆被杀之仇（实际上陈彪篡夺其哥而出卖陈雄），不料龙山并没摆脱女警官龙婷的监视，尤婷的出现打乱了龙山和陈彪的计划。龙山从红吧后门逃走，尤婷寡不敌众，落入陈彪魔掌。刘志豪和香港国了示刑警督察屠法中为营救尤婷，派韩卫东前去绑架叶云，以此人质互换，警方也因此牵出红吧和叶云两条线。警方洞悉龙山的狡诈之时，正值龙山的弟弟魏甫在家族内政变，不料魏甫反而死于魏亦凤之手，警方逮捕了龙山。龙山的逮捕引发了黑仔联盟一系列行动，告诉了警方龙山在黑仔联盟中的作用，韩卫东和尤婷几经渗透，按行动组计划，韩卫东离开魏亦凤跟随叶云，尤婷仍留在魏亦凤身边。陈彪为了抢夺龙山的地盘和魏亦凤闹得不可开交，而此时侯爷致力于的大“CASE”正在悄悄进行。时值美国康寿公司道瑞因谋杀入狱。刘志豪和吴涛涛赴美国，在美国旧金山FBI的支持下密访并制服了旧金山华人黑社会的老大弗来西斯·陈，弗来西斯·陈出于无奈，同意协助大陆警方，于是刘志豪以美国通达国际贸易总公司的总经理身份来到了香港。迎接他的是魏亦凤，侯爷为了独揽此笔生意，在机场绑架刘志豪，用汽车炸弹炸死了前来开车的尤婷。警方摸清了黑仔联盟的基本内幕，却发生了两个潜伏者的对持。刘志豪机智摆脱了侯爷的监视，冒险约见两名潜伏者，当两名潜伏者相遇对上暗号彼此大惊，原来是在卧底时结下宿怨的韩卫东和何良。缅甸警方发现大批自杀身死的“新圣教社”的信徒，这些死者内脏全被掏空，正源源不断送往南海某渔产码头的冷藏库。刘志豪与侯爷达成协议，警方布下天罗地网，殊不知还有一条暗线在活动……